Madoka dihadapkan pada pilihan mustahil: menyaksikan orang-orang tercintanya binasa atau mengorbankan hidupnya sebagai gadis biasa untuk menyelamatkan mereka. Kebenaran kelam di balik kontrak dengan Kyubey terungkap, dan dunia sihir yang rapuh bergantung pada keputusannya.

Madoka Kaname, seorang gadis biasa, bertemu makhluk misterius bernama Kyubey yang menawarkannya satu permintaan apa pun—dengan syarat ia harus bertarung melawan "Penyihir", makhluk jahat yang mengancam kehidupan. Namun, di balik janji manis itu tersembunyi rawa gelap yang mengubah takdirnya selamanya. Siapakah Kyubey sebenarnya?