Kyon terbangun di dunia di mana Haruhi dan SOS Brigade tak pernah ada. Hanya pesan dari Yuki yang bisa membantunya kembali ke realitas asli. Dalam perjalanan penuh teka-teki ini, Kyon harus memilih:

Setelah insiden di Akademi Pulau, Kuroh dan Neko terus mencari sang Raja Perak yang hilang. Pencarian mereka membawa mereka bertemu dengan anggota klan merah HOMRA yang sedang dikejar musuh tak dikenal. Dengan pertarungan spektakuler dan kekuatan supernatural, bisakah mereka menemukan kebenaran sebelum terlambat?