Shogun’s Ninja mengikuti keturunan klan ninja legendaris Fuma yang berjuang merebut kembali kehormatan keluarga saat era Edo di Jepang abad ke-17; ketegangan memuncak ketika elite samurai klan Yagyu menculik teman mereka dan hal itu memicu konflik besar penuh bahaya dan perseteruan tak terelakkan — apakah usaha untuk menyelamatkan kehormatan ini justru akan membawa mereka ke ambang kehancuran total?