Junior mengikuti Justine, seorang gadis tomboy berusia 13 tahun yang menjalani hidup dengan humor dan sikap khasnya; setelah didiagnosis menderita virus perut yang aneh, tubuhnya mulai mengalami metamorfosis yang tidak biasa dan mengganggu — apakah perubahan aneh yang dialami Justine ini akan menjadi cermin konflik batinnya terhadap tubuh dan identitas saat ia tumbuh dewasa?